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| GNV-5|Integrated Bioinformatics|Node UMA in the INB |
| Our contribution have been focused in the design, development, and testing of the software architecture for data, services and computational resources integration at the INB.
The main lines of the system architecture were specified, addressing the integration problem with the design of a simple but powerful, dynamic and extensible platform to represent, discover, integrate and process the different source of data in a distributed computational Web-services environment.
Description of input/output objects is coordinated and standardized by means of an object-ontology in such a way that services can inter-connect, wiring natural bioinformatics workflows. Automatic interfaces and help system builders have been incorporated into the architecture to standardize and facilitate user communication.
Novel functionality in the area has been incorporated into the architecture to allow data persistence, user authentication, task scheduling, monitoring of long-CPU consuming tasks, workflows and collection of objects for massive use of services, including automatic notification, help and training systems.
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| ACGT|Advancing Clinico Genomic Trials On Cancer |
| ACGT is an Integrated Project supported by the European Commission under the Action Line "Integrated biomedical information for better health". The high level objective is the development of methods and systems for improved medical knowledge discovery and understanding through integration of biomedical information. ACGT focuses on the domain of Cancer research and it aims at the development of an integrated Grid-enabled platform in support of post-genomic, multi-centric Clinical Trials. The driving motivation behind the project is to improve our ability to provide faster and sharper diagnosis and early identification of the optimal treatment for each patient. |
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 esp-sol Project |
| The genetic, molecular and biochemical variability of tomato accessions available in the consortium germoplasm collection, newly developed breeding lines and defined transgenic materials will be investigated to identify the molecular mechanisms underlying important traits such as pathogen resistance and fruit quality. In short the project aims at using both natural and generated variability as source of genes and molecules to identify via a number of genomic and bioinformatics tools, which ones are part of the processes leading to quality traits and regulating the plant-virus interaction.
BitLAB tasks are focused on providing the tools for genomics and genetic data management and analysis by means of application and development of bioinformatics tools. |
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| ASP|Amine System Project |
| The major aim of this interdisciplinary project is to develop an on-line integration system able to reveal new emergent information on the molecular bases and physiopathological roles of biogenic amines and related compounds.
ASP is a multidisciplinary project involving researchers of different Scientific and Technological areas. The coordination is leaded by Kika Sanchez at the Biochemistry department (UMA). |
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| OLEAGEN |
| This project focus on the development of genomic tools in olive for the identification of characters associated to fruit and oil composition (organoleptic, and functional properties), as well as in desirable agronomical traits related to more efficient production (length of juvenile period, and tree vigour and canopy architecture). The Project will take advantage of the wide and underexploited natural variability available for cultivated and wild varieties in the olive species maintained in the Word Olive Bank of Germplasm (WOBG), as well as from selected varieties and crosses already available from previous breeding programmes carried out by some of the participants in this project.
The Bitlab contribution is around the generation of a broad agronomic and genomic database and a bioinformatics platform that will allow storage and management of all the information generated within OLIGEN. |
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| RIRAAF |
| La Red Temática de Investigación Cooperativa de Reacciones Adversas a Alérgenos y Fármacos en España (RIRAAF), es una asociación de grupos de investigación de diferentes Administraciones, Instituciones y Comunidades Autónomas, que comparten líneas y objetivos de investigación para el estudio de las reacciones adversas causadas por alérgenos y fármacos, con el objetivo de promover la complementariedad de actuaciones. Su fin último es desarrollar y potenciar una estructura estable de investigación cooperativa en Red para integrar y coordinar la investigación de excelencia en este campo de la Biomedicina en España.
El objetivo global de la red es el estudio de la respuesta biológica a alergenos y fármacos con un enfoque multidisciplinar creando una red de expertos para abordar esta problemática con el fin de evaluar correctamente, desarrollar algoritmos que establezcan el grado de causalidad, estudiar los diferentes mecanismos implicados, proponer el desarrollo y validación de métodos diagnósticos in vitro de nueva generación e identificar la población en riesgo mediante el desarrollo de los estudios genéticos. Por la naturaleza de sus componentes se estudiaran proteínas que se comportan como alergenos así como fármacos que desarrollan reacciones adversas de carácter idiosincrásico. |
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| SAI.ORG |
| El proyecto “Servicio de Atención Integral On-Line en Hemofilia (SAI.ORG)”, es la 3ra. fase del programa de Educación para la Salud en Hemofilia que la Asociación Malagueña de Hemofilia (AMH) viene desarrollando para promocionar la educación como mejor alternativa para mejorar la calidad de vida de sus asociados; usando para ello las posibilidades que ofrecen las nuevas tecnologías
El proyecto se centra en la innovación y modernización de los servicios de la AMH, aportando contenidos digitales y favoreciendo la accesibilidad a la información a personas con discapacidad física.
Bitlab, como socio, lleva la parte tecnológica cuyo objetivo es ampliar la infraestructura software de enseñanza virtual de la AMH –desarrollado en colaboraciones previas-, para hacer un sistema en linea, estilo “Messenger” pero con funcionalidad para controlar el desarrollo de las secciones, simulando un aula real de clase (ver ODISEA, software para la enseñanza síncrona a distancia en la sección de Productos)
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| FRESCOR |
| Las micosis de la fresa causadas por C. acutatum (Antracnosis) originan pérdidas importantes de producción de la fresa en Andalucía (España). Hasta la fecha no se han desarrollado cultivares de fresa completamente resistentes a estos patógenos, aunque sí existen diferencias entre cultivares en el grado de susceptibilidad a los mismos. No existe apenas conocimiento acerca de los mecanismos moleculares que operan durante la patogénesis causada por los hongos referidos ni de aquéllos que juegan un papel defensivo contra la infección por ellos. Avanzar en el conocimiento de dichos mecanismos ayudaría notablemente a establecer unas bases científicas sólidas para futuros Programas de Mejora Genética de la fresa. |
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| BANCESP |
| The main objective of this project is to validate an eQTL approach in order to identify candidate genes that will be used for improving nutritional and health qualities of strawberry plant nd fruits in breeding programmes. By involving public scientists and breeders, it will contribute to reduce the gap existing between the studies on genes and their function and the breeding programmes. |
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| RIB |
| La Red Iberoamericana de Bioinformática (RIB) nació en el año 2002 con el propósito primordial de promover el desarrollo sostenible de la Bioinformática en la región. Se amalgamaron para ello una gran variedad de intereses en investigación, esfuerzos y desarrollos previos al despliegue de la Red, hasta que fructificó en Buenos Aires, Argentina. A partir de ello se desarrollaron diversos de trabajos en las áreas de Capacitación, Apoyo a la Investigación, Servicios y Cooperación con Otras Redes. |
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| BINGOS: Bioinformatics Next Generation Open Software |
| The huge amount of information generated collectively by next generation sequencers imposes new challenges on computational analysis. The petabyte scale of this 'big data' generation requires introducing parallelised computing and other high performance computing strategies to effectively analyse the wealth of generated information. At this point, bioinformatics groups are taking initiative to work on parallelising existing and new software tools and libraries. To prevent duplication of effort, and sub-optimal solutions, a concerted cross-project inter-disciplinary approach is required from the domains of bioinformatics and high performance computing. This COST Action will coordinate research in genomics, metabolomics and proteomics 'big data' analysis, ensuring that available information and techniques are exploited in an efficient manner, with direct application in the life sciences, medicine and human health. |
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| HPC4NGS |
| High-performance computing applied to next generation sequencing technologies |
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| FRAGENOMICS |
| The main objective of this project is to validate an eQTL approach in order to identify candidate genes that will be used for improving nutritional and health qualities of strawberry plant nd fruits in breeding programmes. By involving public scientists and breeders, it will contribute to reduce the gap existing between the studies on genes and their function and the breeding programmes. |
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| PCI2010 |
| Las tecnologías de nueva generación en las áreas de biología molecular y medicina genómica están produciendo, literalmente, montañas de datos. La diversidad de aplicaciones que los explotan van desde la re-secuenciación de genomas para el descubrimiento de polimorfismos en humanos, hasta el estudio de las interacciones entre proteínas para el descubrimiento de nuevos fármacos. Estas tecnologías ofrecen a los biólogos y clínicos oportunidades sin precedentes para acercarnos a la medicina personalizada.
Lamentablemente los problemas computacionales planteados por los grandes volúmenes de datos ('Big data' problem) no tienen una solución trivial. Una razón fundamental es que la computación secuencial está alcanzando sus límites, no siendo ya capaz de seguir el ritmo de la producción de datos. Existe por tanto una presión importante, tanto para adecuar el software actual como para crear nuevo software. En esta línea, la ‘Computación de Alto Rendimiento’ (HPC: High Performance Computing) es la alternativa más prometedora para abordar el problema.
Con esta motivación en mente, se han coordinado cuatro grupos de trabajo con equipamiento y experiencia HPC en aplicaciones biomédicas y bioinformáticas para buscar soluciones que puedan servir como paradigma para resolver “conjuntos de problemas” producidos por los grandes volúmenes de datos. Las líneas de trabajo de estos grupos es complementaria y permitirían identificar aplicaciones “tipo” sobre las que explorar soluciones HPC. Para elegir las aplicaciones usaremos las estructuras de cálculo que presentan y las fronteras que las limitan.
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